ジェイソン・ボーン(マット・デイモン)が消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、元同僚であるニッキ―(ジュリア・スタイルズ)はボーンを見つけ、彼にある事実を告げる。それはCIAが世界中の情報を監視し、技術開発やテロ活動までをも裏で操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動したというものだった。ボーンは再び姿を現すこととなり、追跡を任されたCIAエージェントのリー(アリシア・ヴィキャンデル)は、彼が最も求めているものを提供すれば、再びCIA側に取り込めるのではないかと考え始める。しかし“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた…。

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